Il Partito africano per l'indipendenza della Guinea e Capo Verde (PAIGC) ha trovato pronto sostegno in quelle colonie portoghesi per il suo messaggio di progresso sociale ed economico attraverso la rivoluzione politica. Nel 1961 adottò una bandiera in qualche modo simile a quella dei vicini paesi indipendenti della Guinea e del Ghana, che stavano discutendo di una futura federazione di terre dell'Africa occidentale. Al loro rosso-giallo-verde pan-africano, il movimento di liberazione per la Guinea-Bissau ha aggiunto una stella nera sulla striscia del paranco. Quella striscia e stella corrispondevano geograficamente alla regione costiera occidentale con la sua capitale, Bissau (da cui deriva il nome nazionale). Le strisce orizzontali nella parte restante della bandiera e i loro colori giallo e verde corrispondevano approssimativamente alle savane del nord e alle foreste del sud.
Ufficialmente si diceva che la stella nera fosse un simbolo della leadership di PAIGC, il cui colore si riferiva al popolo africano e alla sua determinazione a vivere in dignità, libertà e pace. Il giallo è stato interpretato come un simbolo del raccolto e dei frutti del lavoro, sia in agricoltura che in altri settori. Green ha ricordato le vaste giungle e le terre agricole, che hanno fornito sostentamento alla stragrande maggioranza dei cittadini. La bandiera del partito incorporava anche le iniziali PAIGC, omesse quando fu proclamata l'indipendenza il 24 settembre 1973. Il Portogallo non riconobbe la Guinea-Bissau o la sua bandiera fino a dopo la sua rivoluzione nel 1974; tuttavia, gran parte della Guinea-Bissau era già sotto il controllo del PAIGC e della sua bandiera. Capo Verde alla fine abbandonò la politica marxista del PAIGC e cambiò la sua bandiera nazionale, ma la Guinea-Bissau mantiene il design originale.
