Sebbene ci fossero movimenti secessionisti a Panama quando faceva parte della Colombia durante il 19 ° secolo, non c'era una bandiera panamense riconosciuta. Nel 1903, quando il senato della Colombia respinse il trattato proposto con gli Stati Uniti che avrebbe previsto la costruzione di un canale di Panama, gli americani aiutarono il movimento di indipendenza panamense e si formò la Repubblica di Panama.
Inizialmente fu proposto un disegno a bandiera che utilizzava i colori della bandiera colombiana. Consisteva in uguali strisce orizzontali di rosso e giallo con un cantone blu che portava due soli gialli collegati, a simboleggiare il collegamento delle due metà del pianeta con il futuro Canale di Panama. Il disegno della bandiera che fu infine scelto divenne ufficiale il 4 luglio 1904; è stato diviso trimestralmente con due stelle. Il simbolismo attribuito era l'alternanza dei due principali partiti politici al governo (originariamente, il rosso era per i liberali, il blu per i conservatori e il bianco per la pace tra di loro), sebbene i colori e le stelle suggerissero chiaramente l'influenza della bandiera di gli Stati Uniti. La bandiera panamense è stata disegnata da Manuel E. Amador, figlio del primo presidente della nuova repubblica.
