Classificazione per "personaggi naturali"
Linneo non considerava il sistema sessuale come il suo principale contributo alla "riforma della botanica" a cui aspirava. Il suo contributo principale arrivò sotto forma di un opuscolo, Fundamenta Botanica (1736; "I fondamenti della botanica"), che incorniciava i principi e le regole da seguire nella classificazione e nella denominazione delle piante.
Nel 1735 Linneo incontrò Boerhaave, che presentò Linneo a George Clifford, un commerciante e un banchiere inglese locale che aveva stretti legami con la Compagnia delle Indie orientali olandesi. Impressionato dalla conoscenza di Linneo, Clifford offrì a Linneo una posizione come curatore del suo giardino botanico. Linneo accettò la posizione e approfittò di questa opportunità per espandere alcuni capitoli della Fundamenta Botanica in pubblicazioni separate: Bibliotheca Botanica (1736; "La biblioteca della botanica"); Critica Botanica (1737; "Una critica alla botanica"), sulla nomenclatura botanica; e Classi Plantarum (1738; "Classi di piante"). Ha applicato il quadro teorico stabilito in questi libri in altre due pubblicazioni: Hortus Cliffortianus (1737), un catalogo delle specie contenute nella collezione di Clifford; e Genera Plantarum (1737; "Genera of Plants"), che ha modificato e aggiornato le definizioni dei generi vegetali offerte per la prima volta da Tournefort.
Il Genera Plantarum era considerato da Linneo il suo coraggioso risultato tassonomico. Contrariamente ai precedenti tentativi di altri botanici di definizione generica, che procedevano con una serie di divisioni arbitrarie, Genera Plantarum presentava un sistema basato su ciò che Linneo chiamava i "caratteri naturali" dei generi: descrizioni morfologiche di tutte le parti di fiori e frutti. Contrariamente ai sistemi basati su divisioni arbitrarie (incluso il proprio sistema sessuale), un sistema basato su caratteri naturali potrebbe accogliere il numero crescente di nuove specie - spesso con caratteristiche morfologiche diverse - che si riversano in Europa dalle sue sedi commerciali e colonie d'oltremare.
La distinzione di Linneo tra classificazioni artificiali e naturali degli organismi, tuttavia, sollevò la questione del meccanismo che permetteva agli organismi di cadere nelle gerarchie naturali. Poteva rispondere a questa domanda solo riguardo alle specie: le specie, secondo Linneo, avevano una forma simile perché derivavano dalla stessa coppia di genitori creata da Dio all'inizio del mondo. Molti dei suoi contemporanei condividevano un concetto di specie simile. Uno di questi personaggi notevoli fu il naturalista francese Georges-Louis Leclerc de Buffon, che all'epoca era impegnato in un simile progetto onnicomprensivo di storia naturale, sebbene Buffon dubitasse dell'esistenza di generi, ordini o classi naturali. Linneo cercò di spiegare l'esistenza di queste divisioni nel contesto dell'ibridazione; tuttavia, la questione delle gerarchie naturali non avrebbe ricevuto una risposta soddisfacente fino a quando il naturalista inglese Charles Darwin non spiegò la somiglianza per discendenza comune nella sua origine delle specie (1859).
