Il protettorato britannico di Basutoland fu istituito nel 1868 per preservare il regno montano di Basotho dall'assorbimento da parte del Sudafrica. Il Basotho (Southern Sotho) fece quindi volare la Union Jack e non aveva bisogno di una propria bandiera nazionale. Decenni dopo fu progettata una bandiera nazionale per essere issata il Giorno dell'Indipendenza, il 4 ottobre 1966, quando la nazione divenne nota come Regno del Lesotho. Il primo ministro, il capo Leabua Jonathan, voleva usare la bandiera del proprio partito nazionale Basotho al potere, che aveva quattro strisce orizzontali uguali da cima a fondo di blu, bianco, rosso e verde. Altre parti hanno obiettato, e invece la bandiera nazionale era verde, rossa e blu in verticale con una versione silhouette bianca di un tipico cappello di paglia Sotho.
I militari rovesciò il governo di Jonathan nel 1986 e una nuova bandiera fu issata il 20 gennaio 1987. Divisa in diagonale, conteneva un triangolo bianco per la pace sul quale, rappresentati in marrone, erano elementi di design dello stemma Basotho. Lo scudo di pelle di animale in sagoma era completato da un bastone con piume di struzzo e da armi tradizionali, il assegai e il pugnale. Questi hanno ricordato le battaglie del passato che avevano preservato l'indipendenza di Basotho. Il triangolo verde all'estremità della bandiera era per prosperità e la striscia blu tra gli altri colori simboleggiava la pioggia. La bandiera è stata progettata da un soldato Basotho con la consulenza tecnica fornita da Frederick Brownell, l'araldo dello stato del Sudafrica.
Una nuova bandiera è stata issata il 4 ottobre 2006, in onore del 40 ° anniversario dell'indipendenza del Lesotho. Si compone di tre strisce orizzontali negli stessi colori della bandiera precedente ma con la striscia bianca ora al centro, su cui è raffigurato, come una sagoma nera, il tradizionale cappello di paglia Sotho.
