Come parte del Trust Territory of the Pacific Islands (TTPI) gestito dagli Stati Uniti, Palau era sotto le bandiere delle Nazioni Unite, degli Stati Uniti e del Trust Territory. Il desiderio locale per uno stato e un governo separati è stato realizzato il 1 ° gennaio 1981 e in quell'occasione è stata issata una bandiera di Palauan. Nel 1979 era stato indetto un concorso che ha portato a più di mille proposte; quello scelto è stato creato da Blau Skebong ed è stato approvato dal nuovo governo il 22 ottobre 1980. Questa bandiera è ancora in uso oggi.
Il disco d'oro rappresenta la luna, che ha un significato speciale per la cultura di Palauan. La luna piena è tradizionalmente considerata il momento migliore per pescare, piantare e altre attività. Si dice che dia alla popolazione locale "una sensazione di calore, tranquillità, pace, amore e unità domestica". Lo sfondo della bandiera non è, come prevedibile, un simbolo dell'Oceano Pacifico; piuttosto, si riferisce al "passaggio finale dell'autorità amministrativa straniera dalla nostra terra". Palau non raggiunse la piena indipendenza fino all'ottobre 1994, ma a quel tempo non fu apportata alcuna modifica alla bandiera. La bandiera originale del 1981 è conservata nel Museo Palau nella capitale, Koror. La bandiera di Palauan è simile nel design alla bandiera del Bangladesh, ma i due hanno colori e simbolismi diversi.