Precedentemente una colonia britannica, le Seychelles divennero indipendenti il 29 giugno 1976. La bandiera issata in quel momento aveva alternato triangoli di blu e rosso, separati da una croce bianca diagonale. Forse non a caso, quella bandiera era quasi identica a quella utilizzata dalla United Steam Navigation Company australiana, le cui navi visitavano regolarmente le isole all'inizio del XX secolo. La bandiera non durò a lungo: una rivoluzione ebbe luogo il 5 giugno 1977, sotto la guida del Partito popolare delle Seychelles (SPUP). La nuova bandiera aveva strisce orizzontali rosso-verde separate da una banda bianca ondulata, che era la stessa della bandiera SPUP, tranne per l'omissione di un sole giallo al centro.
Nel 1993 la pressione delle potenze straniere portò alla democratizzazione del governo. Il partito al potere perse il suo monopolio alle elezioni e la partecipazione di altri partiti al governo portò alla richiesta di una bandiera nazionale meno partigiana. Il Parlamento ha approvato un disegno che incorpora i colori di vari partiti in una bandiera che è stata issata il 18 giugno 1996. I colori della bandiera sono blu (per cielo e mare), giallo (per il sole vivificante), rosso (per il le persone e il loro lavoro per l'unità e l'amore), il bianco (per la giustizia sociale e l'armonia) e il verde (per la terra e l'ambiente naturale).
