Come arcivescovo
Per quasi un anno dopo la morte di Theobald, la sede di Canterbury fu vacante. Thomas era consapevole dell'intenzione del re e cercò di dissuaderlo avvertendo di ciò che sarebbe accaduto. Henry persistette e Thomas fu eletto. Una volta consacrato, Thomas ha cambiato sia la sua visione che il suo modo di vivere. Divenne devoto e austero e abbracciò il programma integrale del papato e la sua legge canonica. Questo spettacolare cambiamento ha sconcertato gli storici e sono state tentate diverse spiegazioni: che Thomas era intossicato dalla sua ambizione di dominare o che si era gettato, come prima, in una parte che aveva accettato di recitare. È più semplice supporre che alla fine accettò gli obblighi spirituali che aveva ignorato come cancelliere e trasformò in un nuovo canale la sua energia mescolata, la forza del carattere, l'impetuosità e l'ostentazione. Con grande dispiacere di Henry, si dimise immediatamente dal cancelliere, ma si aggrappò all'arcidiacono fino a quando il re non lo costrinse a dimettersi.
Henry era in Normandia dall'agosto 1158 e al suo ritorno nel gennaio 1163 Thomas iniziò la lotta opponendosi a una proposta fiscale e scomunicando un barone di spicco. Più serio era il suo atteggiamento nei confronti dei "commessi criminali". Nell'Europa occidentale, i chierici accusati da molto tempo avevano goduto del privilegio di essere processati davanti al vescovo piuttosto che ai tribunali secolari e di solito ricevevano punizioni più lievi di quelle giudicate dai tribunali laici. In Inghilterra prima della conquista normanna questa era ancora l'usanza. Se dichiarati colpevoli in un tribunale ecclesiastico, i chierici potrebbero essere degradati o esiliati ma non rischiano la morte o la mutilazione. Per 60 anni dopo la conquista normanna, si sente poco del crimine clericale o della sua punizione, mentre sul continente i riformatori gregoriani tendevano a enfatizzare il diritto esclusivo della chiesa di provare a punire gli impiegati negli ordini più importanti. La posizione di Thomas, secondo cui un impiegato colpevole poteva essere degradato e punito dal vescovo, ma non doveva essere punito nuovamente dall'autorità laica - "non due volte per la stessa colpa" - era canonicamente discutibile e alla fine prevalse. L'affermazione di Henry secondo cui il crimine clericale era diffuso e che era incoraggiato dall'assenza di sanzioni drastiche si raccomanda ai lettori moderni come giusto. Ma bisogna ricordare che i motivi del re erano autoritari e amministrativi piuttosto che illuminati. Tuttavia, si può pensare che Thomas sia stato sconsigliato nella sua rigida posizione su questo punto.
La questione fu riunita in un consiglio di Westminster (ottobre 1163), ma la crisi arrivò a Clarendon (Wiltshire, gennaio 1164), quando il re chiese un consenso globale a tutti i diritti reali tradizionali, ridotto a scrivere sotto 16 teste e noto come il Costituzioni di Clarendon. Questi affermarono il diritto del re di punire gli impiegati criminali, proibirono la scomunica degli ufficiali reali e gli appelli a Roma, e diedero al re le entrate delle sedi libere e il potere di influenzare le elezioni episcopali. Henry era giustificato nel dire che questi diritti erano stati esercitati da Enrico I, ma Thomas era anche giustificato nel sostenere che violavano la legge della chiesa. Thomas, dopo aver accettato verbalmente le Costituzioni di Clarendon, revocò il suo consenso e fece appello al papa, poi in Francia, che lo sostenne mentre deprecava l'azione precipitosa.
Litigare con Henry
Le buone relazioni tra Thomas ed Henry erano ormai terminate; l'arcivescovo fu chiamato a giudizio dal re per un obbligo feudale. Al Consiglio di Northampton (6–13 ottobre 1164), fu chiaro che Enrico intendeva rovinare e imprigionare o forzare le dimissioni dell'arcivescovo. In questo fu incoraggiato da alcuni dei vescovi, tra cui Gilbert Foliot, vescovo di Londra. Thomas fuggì sotto mentite spoglie e si rifugiò con Luigi VII di Francia. Papa Alessandro III lo ricevette con onore, ma esitò ad agire con decisione a suo favore nel timore di poter gettare Enrico tra le braccia del Sacro Romano Impero Federico I e del suo antipapa, Pasquale III.
L'esilio di Tommaso durò sei anni (2 novembre 1164 - 2 dicembre 1170). A lui si unirono molti della sua illustre famiglia e visse in modo ascetico, prima nell'Abbazia di Pontigny e poi, quando Henry minacciò i monaci, in un'abbazia vicino a Sens. Henry nel frattempo aveva sequestrato le proprietà dell'arcivescovo e dei suoi sostenitori e aveva esiliato tutti i vicini di Thomas parenti. Negli anni seguenti furono fatti vari tentativi abortivi di riconciliazione, ma nuovi atti di ostilità da parte del re e dichiarazioni di scomunica lanciate da Thomas ai suoi avversari amareggiavano le lotte.
I vescovi erano divisi, ma la maggioranza di loro, guidata da Foliot, era o ostile a Thomas o titubante nel sostenerlo. I legati papali si sforzarono più di una volta di mediare, e il re e l'arcivescovo si riunirono a Montmirail nel 1169, solo per separarsi dalla rabbia. Thomas non si fidava del re e, a sua volta, era odiato da lui. Nello stesso anno, Henry pubblicò aggiunte alle Costituzioni di Clarendon, ritirando virtualmente l'Inghilterra dall'obbedienza papale. Alla fine, nel 1170, fece incoronare suo figlio maggiore co-re dall'arcivescovo di York, il vecchio rivale di Becket.
Questa fu una flagrante violazione del divieto papale e del diritto immemorabile di Canterbury di incoronare il re. Thomas, seguito dal papa, scomunicò tutti i responsabili. Henry, temendo un interdetto per l'Inghilterra, incontrò Thomas a Fréteval (22 luglio), e fu convenuto che Thomas dovesse tornare a Canterbury e ricevere indietro tutti i beni della sua sede. Nessuna delle parti si ritirò dalla sua posizione riguardo alle Costituzioni di Clarendon, che in questa occasione non furono menzionate. Questo concordato "aperto" è rimasto un evento inspiegabile. Thomas tornò a Canterbury (2 dicembre) e fu accolto con entusiasmo, ma ulteriori scomunica dei servi reali ostili, il rifiuto di revocare la scomunica di Roger di York e Foliot e la sua pronta accettazione di tumultuosi consensi da parte della folla fece infuriare Henry in Normandia.
