Tradizionalmente, il suono del tuono nelle numerose montagne e vallate del Bhutan è ritenuto la voce dei draghi e il paese è noto come la "Terra del Drago del Tuono" nella sua lingua madre. Tuttavia, il design del drago della bandiera potrebbe essere stato influenzato da disegni simili utilizzati per secoli dai cinesi vicini. Nei suoi artigli il drago sulla bandiera afferra gioielli, rappresentando la ricchezza nazionale e la perfezione. Il drago, che in origine era verde, ora è bianco, a simboleggiare la purezza e la lealtà di vari gruppi etnici all'interno del paese. Il colore giallo-arancio, che il governo bhutanese descrive ufficialmente come giallo, simboleggia il potere del re, come capo del governo secolare, mentre il rosso-arancio è associato al Bka'-brgyud-pa (Kagyupa) e Rnying-ma-pa (Nyingmapa) sette buddiste e con l'impegno religioso della nazione.
La data esatta dell'introduzione di questa bandiera è sconosciuta, ma potrebbe essere avvenuta nel 1971 quando il Bhutan si unì alle Nazioni Unite. Fino agli anni '60 il Bhutan era in gran parte chiuso al mondo esterno; le sue relazioni estere erano state condotte attraverso il Regno Unito (1910-1949) e dall'India (dal 1949 agli anni '60). L'isolamento del Bhutan e la mancanza di un litorale limitavano rigorosamente le circostanze in cui era richiesta una bandiera nazionale.
