Il fiume Kootenay, scritto anche Kootenai, scorre nel Nord America occidentale, sorgendo nelle Montagne Rocciose a ovest di Banff, Alta., Can. Scorre verso sud attraverso il Kootenay National Park nella British Columbia, Can., Esplodendo dalle Montagne Rocciose per fluire generalmente a sud nella fossa delle Montagne Rocciose. Oscilla verso sud nel Montana, negli Stati Uniti, in un ampio anello a forma di U e poi verso nord nell'Idaho e torna in Canada prima di estendersi nel lungo e stretto lago Kootenay nella Columbia Britannica; dal braccio occidentale del lago sfocia nel fiume Columbia a Castlegar.
Circa 130 miglia (210 km) della lunghezza del fiume 485 miglia (780 chilometri) sono negli Stati Uniti. Il Kootenay scende a 365 piedi (111 m) nei 40 km tra il lago Kootenay e il fiume Columbia. In questa sezione diverse dighe forniscono energia alla fonderia e alla raffineria di metalli comuni di Trail, BC. Il fiume è navigabile da Bonners Ferry, Idaho, a Nelson, BC
Il Kootenay, esplorato nel 1807 dal commerciante di pellicce britannico David Thompson e una volta chiamato Flat Bow, deriva il suo nome da una parola indiana che significa "popolo dell'acqua".
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