Alla fine del XIX secolo le potenze europee cercarono di estendere il controllo interno dai territori costieri che avevano precedentemente conquistato nell'Africa centrale. Sotto l'influenza di controllo del re Leopoldo II del Belgio, fu fondata l'Associazione Internazionale Africana, che proclamò lo Stato Indipendente del Congo (o Stato Libero del Congo) nel 1885. La sua bandiera, risalente al 1877, era blu con una stella d'oro che simboleggiava un luce splendente nel "Continente oscuro". Gli Stati Uniti furono i primi a riconoscere lo stato e la sua bandiera. Il 30 giugno 1960, il suo stato successore (il Congo belga) divenne un paese indipendente e furono aggiunte sei stelle gialle lungo il paranco della bandiera per rappresentare le sei province. Quando il numero di province fu modificato nel 1963, la prima bandiera fu sostituita da una con una striscia diagonale rossa bordata di giallo e, nell'angolo superiore del paranco, una stella gialla più grande (il disegno della bandiera fu leggermente modificato nel 1966).
Nel 1971 il presidente Mobutu Sese Seko cambiò il nome del paese in Repubblica dello Zaire e creò una nuova bandiera nazionale: un campo verde con un disco giallo con un braccio e una torcia. Il regime di Mobutu fu rovesciato nel 1997 da una coalizione rivoluzionaria sotto la guida di Laurent Kabila, ammiratore del primo primo ministro del Congo indipendente, Patrice Lumumba. Kabila ordinò alla bandiera di Lumumba di sostituire quella dello Zaire a partire dal 17 maggio 1997. Il design recentemente restaurato non corrispondeva più nel suo simbolismo alle realtà amministrative, poiché aveva sei stelle e il paese aveva otto province. Tuttavia, ha ricordato per i congolesi il ripristino delle loro speranze e principi originali dal momento dell'indipendenza nel 1960.
Il figlio Joseph di Kabila è diventato presidente dopo l'assassinio di suo padre nel 2001. Dopo che il giovane Kabila aveva portato una certa stabilità nel paese, ha proclamato la "Terza Repubblica" del paese il 18 febbraio 2006. Di nuovo la bandiera nazionale del 1963-1966 divenne ufficiale, sebbene il campo fosse una tonalità più chiara di blu.
