L'indipendenza per l'America centrale è stata proclamata per la prima volta il 15 settembre 1821, ma il Messico ha poi sottomesso l'area per due anni. La bandiera delle province unite indipendenti dell'America centrale fu adottata il 21 agosto 1823 e consisteva di strisce blu-bianche-blu con lo stemma nazionale al centro. Quelle braccia includevano sostanzialmente gli stessi elementi di design che il Nicaragua usa oggi. Anche dopo che i cinque stati membri della federazione sono diventati paesi indipendenti, il Nicaragua ha continuato a issare la vecchia bandiera. Alla fine, nel 1854, fu scelto un nuovo tricolore nicaraguense orizzontale di scarlatto bianco-giallo, ma non volò a lungo. La guerra civile e l'intervento dei filibuster nordamericani (avventurieri militari) portarono successivamente all'introduzione di una serie di bandiere e alla loro rapida sostituzione.
Nel 1908 la vecchia bandiera della federazione fu riaperta come bandiera nazionale del Nicaragua, con opportune modifiche nello stemma. Quel disegno di base, con ulteriori modifiche allo stemma, fu riaffermato dalla legge del 27 agosto 1971, sebbene il bicolore orizzontale rosso-nero del movimento sandinista fosse di fatto una bandiera nazionale secondaria durante gli anni del dominio sandinista (1979 -90). Lo stemma sulla bandiera comprende un triangolo per l'uguaglianza, un cappuccio per la libertà per la libertà e cinque vulcani tra due oceani, simbolo dei cinque paesi dell'America centrale originali tra i bacini dell'Atlantico e dell'Oceano Pacifico.
