Il Concilio di Trento.
Nel maggio del 1536 papa Paolo pubblicò una bolla di convocazione per la sua proposta di consiglio che si sarebbe tenuta a Mantova. Autorizzò anche un selezionato gruppo di cardinali a redigere un rapporto sugli abusi all'interno della chiesa. Guidato dal cardinale Gasparo Contarini, questo gruppo ha denunciato l'ordinazione di sacerdoti mal preparati, la selezione di vescovi incompetenti, l'accumulo di benefici e la decadenza degli ordini religiosi, la predicazione e la cura delle anime. Il rapporto, tuttavia, cadde nelle mani dei protestanti e fu usato da Lutero in un violento attacco alla Chiesa romana e al papato. Tuttavia, il Papa perseguì i suoi piani per tenere il consiglio, che avrebbe dovuto aprire il 23 maggio 1537 a Mantova. Con infinita pazienza, Paolo cercò di superare l'opposizione dell'Imperatore, dei re, dei prelati e dei principi, prorogando e posticipando ripetutamente l'apertura del consiglio nel corso di nove anni, ma riuscendo infine a farla inaugurare dal suo legato, il cardinale Giovanni del del Monte, a Trento il 13 dicembre 1545.
In riferimento al clamore dei protestanti, l'imperatore ha insistito sul fatto che il consiglio si limitasse principalmente a occuparsi di disciplina e riforma. Tuttavia, prevalse la decisione del Papa di dare priorità alle materie dottrinali e, nelle sue prime sessioni, il Concilio di Trento emanò decreti sul canone delle Scritture, sul peccato originale, sulla giustificazione e sui sacramenti, nonché sulla riforma. I timori della peste e la minaccia di un attacco da parte delle forze armate protestanti indussero il Papa ad accettare il trasferimento del consiglio a Bologna nel febbraio del 1548. Ma l'imperatore proibì ai prelati spagnoli e tedeschi di recarsi a Bologna e il papa dovette sospendere il Concilio il 17 settembre 1549. Ciononostante, questa prima fase del Concilio di Trento aveva compiuto un sostanziale passo avanti, portando a una profonda riforma dell'insegnamento e della disciplina della Chiesa.
Durante tutto il suo pontificato, Papa Paolo visitava spesso i punti problematici nello Stato Pontificio e oltre. Fu a Civitavecchia nel 1535 e nel 1537; visitò Lucca e Piacenza mentre si recava a Nizza nel 1538; apparve a Perugia per pacificare la città dopo che le sue forze spezzarono il potere della famiglia Colonna nel 1540; e nel 1543 visitò Bologna mentre si recava a Busseto per incontrare l'imperatore.
