Ufficio estero
Burton ora è entrato nel Ministero degli Esteri britannico come console in Fernando Po, un'isola spagnola al largo delle coste dell'Africa occidentale. Durante i suoi tre anni lì, fece molti brevi viaggi di esplorazione nell'Africa occidentale, raccogliendo abbastanza materiale per riempire cinque libri. Le sue descrizioni esplicite di rituali tribali riguardanti la nascita, il matrimonio e la morte, così come il feticismo, l'omicidio rituale, il cannibalismo e le bizzarre pratiche sessuali, sebbene ammirate dagli antropologi moderni, non gli fecero alcun favore con il Foreign Office, che lo considerava eccentrico se non pericoloso.
Rientrato a Londra in congedo nel settembre 1864, Burton fu invitato a discutere con Speke prima della British Association for the Advancement of Science. Speke, che con il soldato ed esploratore britannico James Augustus Grant aveva compiuto un viaggio memorabile da Zanzibar al Lago Vittoria e poi lungo tutto il Nilo, avrebbe dovuto difendere la sua convinzione che il Lago Vittoria fosse la vera fonte del Nilo. Dopo la sessione preliminare del 15 settembre, Speke è andato a caccia, morendo misteriosamente a causa di una ferita da arma da fuoco nel petto. La giuria del coroner ha giudicato la morte un incidente, ma Burton ha ritenuto che fosse un suicidio. Scrisse angosciato a un amico, "L'ente benefico dice che si è sparato, mentre l'inconfondibile dice che gli ho sparato".
Burton trascorse i successivi quattro anni come console a Santos, in Brasile, dove scrisse un libro sugli altopiani del Brasile (1869) e tradusse Vikram and the Vampire, o Tales of Hindu Devilry (1870). Iniziò anche a tradurre le opere del romantico esploratore poeta portoghese Luís de Camões, con il quale provava un profondo senso di parentela. Tuttavia il suo lavoro non lo ha aiutato a superare la sua crescente avversione per il Brasile. Prese da bere e infine mandò la moglie devota a Londra per ottenere un posto migliore per lui. Riuscì a convincere il Segretario agli Esteri a nominare il console Burton a Damasco.
Di ritorno in Medio Oriente, che amava, Burton per un certo periodo ebbe molto successo come diplomatico; ma l'intrigo musulmano, complicato dalle indiscrezioni proselitiche della moglie cattolica romana, portò al suo umiliante licenziamento nell'agosto 1871. I dettagli di questo evento furono registrati da Isabel Burton nella sua vivace e difensiva Inner Life of Syria (1875).
